La idea de abrir el primer museo en San Juan del Río surge a finales de la década de los años 70 del siglo XX, a iniciativa de don Palemón Cabrera y José Ugalde Campos, apoyados por personas generosas como doña Concepción L. Viuda de Gómez, Moisés Romero, Jesús Badillo, Ángeles Salas y muchos más habitantes de San Juan del Río, quienes propician la reconstrucción del techo del corredor principal del antiguo panteón de la Santa Vera Cruz y la dotación de bancas al templo del Calvario. El encargado de las obras fue don José Ugalde Campos; Palemón Cabrera con toda su perseverancia la hizo de jardinero, logrando hermosear con diferentes plantas las terrazas del cementerio. Por su parte don Nemesio Olguín toma el papel de tesorero, logrando cooperaciones si no muy cuantiosas, sí lo suficientes para realizar algunas obras. El 6 de abril de 1977 queda legalmente constituida la Asociación Civil Pro-Museo Local, promovida por don José Velázquez Quintanar y una treintena de personas que firman como socios fundadores.
Para 1981, el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), el Gobierno del Estado de Querétaro y el Municipio de San Juan del Río, rescatan el inmueble y lo habilitan para albergar el primer museo de la ciudad, que intentaban fuera de historia pero fue dedicado a la arqueología local, siendo exhibidas piezas encontradas principalmente en la zona de La Estancia y El Rosario (comunidades rurales ubicadas en inmediaciones de la Presa Constitución de 1917) y también piezas del Barrio de la Cruz, pero en menor cantidad, acervos que fueron donados por particulares, quienes las tenían en colección. Para que se cumpliera el cometido se tuvo que construir una sala en un pequeño terreno que existía entre la sacristía del templo del Calvario y la entrada del panteón, que funcionó como pequeña huerta o traspatio del templo. La construcción y detalles arquitectónicos fueron copiados de forma exacta a la fisonomía del edificio para integrarlo. Este primer museo fue inaugurado el 24 de junio de 1981, con motivo del aniversario 450 de la fundación de San Juan del Río.
Para 1990, estos vestigios prehispánicos se trasladan a otro sitio recién restaurado, localizado frente a la antigua plazuela del Sacro Monte, denominado como Centro Histórico y Cultural (antiguas Casas Consistoriales y cárcel virreinales), y el museo del panteón sólo presentaba exposiciones temporales. En los años siguientes, la antropóloga Sonia Butze presenta un proyecto interinstitucional para crear un museo dedicado a la muerte. Butze fungió como directora de este primer museo de arqueología. Es ella quien invita a la reconocida historiadora Elsa Malvido, investigadora del INAH especializada en historia de la muerte, del suicidio, de la tortura, del hambre y de las epidemias en México, quien hace la curaduría. Malvido vivió por tres meses en San Juan del Río, mediante el hospedaje y alimentación que personas de la ciudad le brindaron a cambio para lograr la transformación del museo en el panteón de la Santa Vera Cruz. Formó el acervo de lo que serpia el Museo de la Muerte mediante donaciones voluntarias de diversas personas a favor de la realización del mismo. El Museo de la Muerte, es realidad desde el año 1997. Fue inaugurado el 24 de junio de aquel año, gracias al empeño de Juan José Ugalde Cabrera, incansable promotor cultural, quien por muchos años fungió como director de Cultura municipal.
Este singular espacio, expresa con toda su identidad, su misterio y su carga simbólica a la muerte como fenómeno cultural, al igual que un componente central e ineludible de la vida y el pensamiento de los hombres en cualquier sociedad. Este recinto cultural presenta en sus rasgos generales la evolución de las mentalidades, las prácticas rituales y religiosas sobre la muerte en esta región y en nuestro país, abordando el tema en cuatro grandes momentos: La muerte en Mesoamérica. La muerte en la Nueva España; en esta sección se escenifica una monja muerta coronada apoyada por los ritos mortuorios propios en su celda. La reconstrucción de un altar mayor, frente al cual y dentro de la nave de los templos, se acostumbraba enterrar a los difuntos de mayor jerarquía social o religiosa. Se exhibe un enterramiento indígena de la época del primer contacto con los conquistadores españoles, así como réplicas de túmulo funerario y diversos objetos utilizados en las prácticas y cultos cristianos relacionados con la muerte. Se exhiben pinturas y fotografías de difuntos desde el siglo XVIII al XX, una colección de esquelas del siglo XIX y XX. La muerte Laica, es indudablemente el objeto más valioso que se exhibe en el museo, es el propio panteón de la Santa Veracruz, ejemplo relevante del panteón laico que se constituye en Europa a partir del siglo XVIII con las ideas de la Ilustración. Finalmente, el aspecto de la muerte en la cultura popular contemporánea comprende algunas manifestaciones populares como la veneración que de los muertos y las calaveras se hace en el arte, así como la interpretación contemporánea de la ofrenda de muertos, concebida en el marco de una especie de nacionalismo cultural.
