En 1916, como diputado, ocurrió al Congreso Constituyente de Querétaro, en el que se elaboró y finalizó la Carta Magna de 1917.
Se realizaron elecciones en aquel año, durante el gobierno provisional de Emilio Salinas. A estas elecciones se presentaron dos candidatos: el sanjuanense Ernesto Perusquía, favorecido por Carranza, y Rómulo de la Torre, quien durante el gobierno de Carlos Loyola había sido encarcelado por ser partidario de la candidatura de Alfonso Veraza.
Ante la presión de los carrancistas, De la Torre se retiró de la justa electoral; así, Perusquía fue elegido gobernador del estado de Querétaro y tomó posesión el 30 de junio de 1917.
Después de una serie de gobiernos interinos o nombrados por juntas y jefes revolucionarios que tuvo el estado a partir de 1911, Perusquía sería el primer gobernador constitucional de Querétaro y el primero que lograría cumplir exactamente las fechas del periodo de su mandato.
Don Ernesto nació en San Juan del Río el 10 de marzo de 1877. Hijo de don Manuel Perusquía Gutiérrez y de doña Ramona Layseca. Provenía de una familia muy rica y distinguida de San Juan. Al asumir el mando como gobernador contaba con cuarenta años de edad.
El mandato de Perusquía estuvo marcado por circunstancias difíciles y por serios problemas que se venían produciendo desde el comienzo de la Revolución. En primer lugar, después de tantos años de lucha, había que volver a crear la burocracia del Estado, sobre todo porque, al dejar de ser Querétaro la capital provisional de la República, las autoridades nacionales habían abandonado la ciudad y los servicios públicos se habían interrumpido. Por otro lado, la legislatura local estaba dedicada a la discusión de la nueva Constitución del Estado, basándose en un proyecto redactado por el prestigiado abogado Benito Reynoso. Finalmente, esta Constitución estatal fue promulgada el 9 de septiembre de 1917.
Existían, además, dos conflictos territoriales. Uno en el entonces distrito de Tolimán, cuya cabecera había sido trasladada -por cuestión de cercanía- a la entonces villa de Colón, pero que insistía fuera regresada a Tolimán; efectivamente, el cambio se llevó a cabo. El otro asunto discutido en esa época fue la creación de la villa de Ezequiel Montes, en la vieja delegación de Corral Blanco, lo cual llenó de júbilo a sus habitantes.
Otro problema fue el deterioro de las relaciones entre Querétaro y los estados de Guanajuato y Nuevo León, ocurrido durante la Revolución, sin embargo, Perusquía supo ganarse la voluntad de las autoridades de estas entidades; de tal suerte que la Junta Patriótica del pueblo de Dolores Hidalgo (Guanajuato) lo invitó a participar en las fiestas de la Independencia. Por otra parte, el gobierno de Nuevo León, en honor, lo convocó a cooperar con la construcción de un monumento al general Mariano Escobedo.
Ernesto Perusquía también logró ganarse el afecto del presidente Venustiano Carranza, quien celebró su cumpleaños en Querétaro el 29 de diciembre de 1918, y más adelante, en 1919, visitó la ciudad para inaugurar el alumbrado eléctrico del pueblo de La Cañada (hoy cabecera del municipio El Marqués), así como el camino de la Cuesta Colorada y la Escuela Infantil Femenil.
Otros decretos importantes fueron la elevación a la categoría de pueblo de la congregación de San Joaquín (actual municipio); la cesión a San Juan del Río del Mesón de la Aurora, para que se estableciera allí el Cuerpo de Gendarmería Municipal, y la facultación del Poder Ejecutivo para disminuir las contribuciones, condonar multas y recargos, y celebrar contratos con la Compañía Telefónica y Telegráfica Mexicana, a fin de establecer estos servicios en San Juan del Río. Asimismo, se fijó una nueva división política de la entidad, con dieciséis distritos electorales, seis municipios y diez delegaciones.
