En el centro de la ciudad de San Juan del Río, a la vera del Camino Tierra Adentro, permanece un imponente templo católico que fue edificado en el siglo XIX. De los templos antiguos de la ciudad, el templo del Señor del Sacro Monte, es el más nuevo o último. Su construcción inició en el año 1826 y fue terminado en 1831, cien años después del templo parroquial.
Este espacio fue dedicado exclusivamente para el culto de una imagen milagrosa, una pequeña estampa, a la que se le atribuyó la sanación de varios enfermos en el entonces pueblo.
La tradición cuenta que, Hacia 1817, un arriero de nombre Julián García Sánchez, trajo del templo del Señor del Santuario de Ameca una pequeña estampa (que se resguarda celosamente en la sacristía), la cual obsequió a su hermana Antonia Paulina diciéndole que era muy milagrosa. Esa estampita fue muy solicitada por los enfermos y sin planearlo, empezó a circular de casa en casa, visitando a los enfermos quienes a los pocos días milagrosamente sanaban de sus males. Esto propició que surgiera una gran devoción por el Señor del Sacro Monte en San Juan del Río.
Gracias a los cronistas y a documentos sobre los que se ha investigado, sabemos que los hermanos García Sánchez, arreglaron un pequeño jacal y lo convirtieron en oratorio, sitio en el que la gente, sobre todo los vecinos del entonces llamado Pueblo Nuevo, que comprendía desde la actual calle Mariano Jiménez hasta el Calvario. Allí estuvo durante algún tiempo hasta que los hermanos García empezaron a juntar limosnas para la construcción de un oratorio más digno. Varias gestiones hicieron tanto los hermanos García como los vecinos quienes se habían curado, entre otros fieles, de tal suerte que el Ilustre Ayuntamiento cedió un terreno para su edificación la cual en efecto se llevó a cabo.
La terminación y bendición de este templo de realizó el 20 de noviembre de 1831 con suntuosas fiestas que duraron seis días. Las autoridades religiosas comisionaron a los señores don Antonio Alcántara y don Francisco Camargo, así como al Bachiller don Domingo García, por parte de la parroquia, para la organización de los festejos. Las fiestas profanas se hicieron los siguientes seis días y fueron encargadas a don Esteban Díaz Torres, el coronel Rafael Velázquez y a don Pedro de la Cajiga, quienes organizaron tapadas de gallos, los primeros tres días, y corridas de toros los otros tres (la plaza de toros fue construida de madera en la Plazuela de San Juan Bautista). Todas las noches se quemaban fuegos de artificio.
Su frente es al poniente, a su lado derecho surca el Camino Real de Tierra Adentro (Av. Juárez). Sus detalles arquitectónicos están hechos de cantera morena de San Juan. El templo tiene una balaustrada que fue parte de un circuito a su alrededor, que se instaló hacia 1859, gestionada por el Bachiller don Nicanor Basurto.
Su cúpula es de forma oval. Tiene dos torres. El campanario de dos cuerpos en forma de pináculo. La torre del reloj, que es de tres caras y fue el primero que se instaló en la ciudad inaugurado el 16 de abril de 1877. Fue donado por el gobernador de Querétaro, el coronel don Benito Santos Zenea, al que incluso no le dio tiempo de inaugurarlo pues la muerte le sorprendió año y medio antes, el 15 de septiembre de 1875. Este reloj fue traído de Londres (Inglaterra). Fueron sufragados los gastos de su colocación y arreglo por los señores don Jesús y don Ángel M. Domínguez. El gobernador consiguió la exención de impuestos por su introducción al país, para lo cual el entonces presidente de la República, Sebastián Lerdo de Tejada, dictó el decreto de exención el 10 de mayo de 1875. A observar que las tres caras del reloj, que tienen números romanos, en lugar del IV tiene IIII, esto apunta a razones meramente estéticas de simetría, es decir, el IIII armoniza con el VIII, que se encuentra al frente, pues ambas cifras tienen cuatro caracteres. También se ha dicho que el que este número se haya escrito así fue debido a la contumacia de un rey. En el año 1364 el rey Carlos V de Francia censuró a un artífice relojero haber puesto en la esfera de un reloj de torre el número IV y no IIII. Ante la defensa del relojero, quien afirmaba que lo correcto era escribirlo IV, el rey zanjó la cuestión bruscamente diciendo "yo nunca me equivoco". En el fondo el rey tenía razón -apunto que a Carlos V le apodaban "el sabio"- porque parece que ambas formas son correctas. De hecho, los romanos usaban el IIII en lápidas y esculturas, probablemente por motivos religiosos, según lo expresado por el Instituto Británico de Relojería.
