El templo del Calvario de San Juan del Río se encuentra en lo que era el barrio de los indios que, desde el último tercio del siglo XVI y hasta el XIX se localizaba a las afueras de la población. Este barrio corresponde a lo que fue el asentamiento habitacional prehispánico que se estableció sobre una pequeña meseta que terminaba en un despeñadero que era la falda poniente del cerro Pedregoso. Este asentamiento estaba justo al frente de otra peña que en la parte superior tenía construido un centro ceremonial y, a su vez, en sus partes bajas, junto al río, una pequeña zona habitacional también prehispánica. Ese es el actual barrio de La Cruz.
Es probable que la primera capilla, del siglo XVI, haya sido tirada hasta sus cimientos y que, en ese mismo lugar, se haya construido otra a principios del siglo XVIII, que es la que se conserva hasta nuestros días. Particularmente este pequeño templo es de una belleza y graciosidad singulares. Es sencilla en su arquitectura. Mira al norte y es de una sola planta -al estilo de las capillas indígenas o de naturales de su época-, no tiene cúpula. Tiene también púlpito de obra al cual se ingresa desde el interior, pero su escalera es saliente en un cilindro hacia el costado derecho. Tiene coro alto de madera por el que se accede desde una escalera exterior a su lado izquierdo, también tiene su sacristía. El atrio es de barda alta con su puerta, misma que está coronada por tres cruces que representan el Monte Calvario; en su arco la leyenda La Santa Veracruz. Destaca su hermosa espadaña, que la hace distinguible; es de dos cuerpos para cuatro campanas: una llamada Santa Cruz del año 1866, otra llamada Santa María del mismo año al igual que otras dos sin nombre. Copones decoran detalladamente el conjunto.
Según lo escrito por Rafael Ayala, en manuscritos de los siglos XVII y XVIII se habla continuamente de las procesiones que salían del templo parroquial en la Semana Santa y que recorrían desde entonces las antiguas calles de la Estación, una parte de San Antonio y la Santa Veracruz (actuales Vicente Guerrero, Mariano Jiménez y 2 de Abril, respectivamente) hasta llegar a la capilla del Calvario, que era y sigue siendo el punto final de ellas.
El historiador Ayala menciona que este templo es poseedor de un grupo escultórico de talla en madera que representa a la Virgen María, al Niño Dios y al Señor San José, de proporciones un poco menores que las naturales, de buena factura y casi seguro que sean salidas de los talleres queretanos de mitad del siglo XX, sin embargo, en la actualidad no están a la vista en la capilla.
En el altar central de la izquierda se encuentra una hermosa pintura al óleo dispuesta tras un cristal en la que se lee Tocada á la original día 21 de octubre de 1818 por el P.F.R.G; se trata de una imagen de la Virgen de Guadalupe, muy bien preservada tomando en cuenta su antigüedad. Es de autor anónimo que es copia fiel de la tilma de Juan Diego.
En el altar mayor se encuentra un grupo escultórico, que representa a Jesús Crucificado y, a sus lados, a la Virgen de los Dolores y San Juan.
Entrando, a la izquierda, una vitrina resguarda una escultura de Santa Cecilia, patrona de los músicos; frente a ella, otro aparador guarda un fino Cristo de la Columna, hecho con pasta de caña.
A espaldas de este templo se encuentra el viejo Panteón de la Santa Veracruz, que alberga el Museo de la Muerte, sala museográfica que fue construida en lo que fue la pequeña huerta del templo.
