De 1960 a 2015, la población de San Juan del Río registró crecimiento de 680.37 por ciento, al pasar de 39 mil 450 a 268 mil 408 habitantes en este periodo de tiempo. Se prevé que para el Censo Poblacional 2020, la última cifra crecerá entre dos y tres puntos porcentuales, pues es el comportamiento de los últimos 25 años.
De acuerdo con datos obtenidos a través del Consejo Estatal de Población Querétaro (Coespo) y el Instituto Nacional de Estadística y Geografía (INEGI), San Juan del Río cuenta con un total de 799 kilómetros cuadrados, la densidad poblacional es de 348.2 habitantes por kilómetro cuadrado.
De 1960-1970, el municipio inició un periodo de transformación urbana, económica y social. Ha sido considerado el segundo municipio más poblado del estado de Querétaro, con alta tasa de recepción de personas provenientes de otras entidades, la última estimación es de 26.28 por ciento.
Para 2015, año en el que se llevó a cabo el último censo del INEGI, San Juan del Río registró 268 mil 408 habitantes. La población del municipio se duplicó a lo largo de 25 años, ya que entre 1990 a 2015 hubo cerca de 142 mil nuevos residentes.
De 1990 a 1995 el porcentaje de crecimiento fue de 3.6; del 1995 al 2000, representó 3.5 por ciento; entre el 2000 y el 2005, fue de 2.6; mientras que de 2005 a 2010, subió a 3.2 por ciento y de 2010 a 2015 disminuyó a 2.2 puntos porcentuales, si se mantiene este ritmo de crecimiento poblacional, para el censo a realizarse en 2020, se estima que haya alrededor de 50 mil habitantes más; San Juan del Río duplicaría su población en 31.8 años.
