En aras de verificar la votación emitida por los ciudadanos, pasaron por recuento seis de las 18 elecciones para ayuntamiento, y las correspondientes a los distritos locales I y IX, con sede en Querétaro y San Juan del Río, respectivamente.
Movimiento de Regeneración Nacional (Morena), se posicionó como el partido que más solicitudes de recuento para las alcaldías presentó, logrando revertir los resultados del PREP en el de Ezequiel Montes, donde se pronosticaba el triunfo de la coalición PAN, PRD, Movimiento Ciudadano.
El resto de los casos en los que no logró que los recuentos favorecieran a sus candidatos fueron: Querétaro, donde se entregó la constancia de mayoría a Luis Bernardo Nava, con ventaja de mil 513 votos; y Tequisquiapan, donde se fijó el triunfo del candidato independiente José Antonio Mejía Lira.
El resto de los procedimientos fueron requeridos por PAN, PRI-PVEM y Nueva Alianza, con uno cada uno, logrando Nueva Alianza revertir los resultados del PREP en Peñamiller para Juan Carlos Linares Aguilar, mientras que los primeros resultados daban la ventaja a Agnoli García Rosales del PRI.
PAN impugnó el resultado en Pinal de Amoles, sin lograr revertir el triunfo de Isidro Garay Pacheco, del PRI-PVEM.
En el caso de la capital queretana, las sesiones de cómputo iniciaron el 4 de julio y concluyeron a las 2:00 del sábado, proceso en el que también se abrió el 50 % de los paquetes electorales, dos mil 674 paquetes electorales de cinco mil 296.
Los resultados confirmaron el triunfo de la fórmula encabezada por el candidato postulado por los partidos Acción Nacional (PAN), de la Revolución Democrática (PRD) y Movimiento Ciudadano (MC), Luis Bernardo Nava Guerrero; quien obtuvo 154 mil 301 votos (35.04%), respecto del segundo lugar, con 152 mil 788 votos (34.70%).
Las elecciones de ayuntamiento en las que se recontaron los votos fueron las correspondientes a El Marqués, Ezequiel Montes, Peñamiller, Pinal de Amoles, Querétaro y Tequisquiapan, revirtiéndose los resultados proporcionados por el Programa de Resultados Electorales Preliminares (PREP), de Peñamiller y Ezequiel Montes.
Tras los procedimientos, los 27 Consejos Distritales y Municipales del Instituto Electoral del Estado de Querétaro (IEEQ) declararon la validez de las elecciones del 1 de julio en la entidad, correspondientes a los 15 distritos locales y los 18 ayuntamientos.