La presencia de la Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ) en San Juan del Río se remonta al 06 de octubre de 1976, con la instalación de la Escuela de Bellas Artes en el antiguo Hospital y Convento de San Juan de Dios. Poco después se instala también la conocida como Prepa San Juan, incorporada a la Universidad.
Formalmente, el Campus San Juan del Río de la UAQ surge cuando las carreras profesionales inician con la instauración de la Facultad de Contaduría y Administración, inaugurada el 03 de octubre de 1983. Este acto marca la descentralización de la Universidad hacia los municipios de la entidad queretana y el oficial inicio de la educación superior en San Juan del Río, que se da en consecuencia a la alta demanda de estudiantes que de esta región se movía a la ciudad capital del estado, Santiago de Querétaro, para poder cursar sus estudios profesionales.
Contaduría y Administración se convirtió en la pionera e inició sus actividades en una antigua casona del siglo XIX, ubicada en el número 59 de la avenida Benito Juárez oriente, en el Centro Histórico de la ciudad, sitio en comodato al Municipio de San Juan del Río que actualmente alberga la Casa de Cultura. Pocos años estuvo en este lugar, para posteriormente trasladarse a lo que fue el antiguo Hospital y Convento de San Juan de Dios, ubicado en la misma avenida Juárez, pero hacia el poniente, número 136, edificio del siglo XVII, propiedad del Gobierno del Estado de Querétaro, sitio en el que la UAQ ya venía implementando talleres relacionados a las Bellas Artes.
Para 1986, en una acción conjunta, la Universidad, el Municipio de San Juan del Río y el Gobierno del Estado de Querétaro, logran que el Ejido San Juan hiciera la donación -mediante expropiación- de una superficie de cinco hectáreas para la edificación del Campus San Juan del Río, terreno asentado en la zona oriente de la ciudad; a su alrededor no existían más que campos de labranza y pastoreo.
Es entonces que la Universidad promueve ayuda económica que logra con el reconocido altruista Gonzalo Río Arronte, para la construcción del primer edificio que albergaría a la Facultad de Contaduría y Administración. Ese mismo año (1986) se inaugura el espacio que hasta le fecha ocupa el Campus San Juan del Río de la UAQ en la colonia San Cayetano.
También en 1986, llegó a San Juan del Río la carrera de Ingeniería Electromecánica (aunque inició formalmente en 1987), como una necesidad tropicalizada de la industria en la región, siendo entonces el segundo polo de desarrollo más importante del estado de Querétaro en el sector industrial.
Por otro lado, Bellas Artes en San Juan del Río inició el 20 de abril de 1987 como Unidad Académica, ubicándose en lo que fue el antiguo Hospital y Convento de San Juan de Dios.
Con el tiempo, se fueron agregando facultades al Campus de San Juan del Río. Actualmente se encuentra como sigue.
Facultad de Enfermería, con Licenciatura en Enfermería. Facultad de Contaduría y Administración, con las licenciaturas en Negocios y Comercio Internacional, Administración Financiera, Administración y Contador Público. Facultad de Ingeniería, con las licenciaturas en Ingeniería Electromecánica, Ingeniería Civil, Ingeniería en Automatización, Ingeniería Mecánica y Automotriz, y la licenciatura en Arquitectura. La Facultad de Psicología, con las licenciaturas en Psicología Clínica y Psicología Educativa. La Facultad de Bellas Artes, con las licenciaturas de Docencia del Arte, Música y Artes Visuales. Y la Facultad de Derecho, con la licenciatura en Derecho.
Es así que, en este año 2023, se cumplieron cuarenta años de presencia de la Universidad Autónoma de Querétaro en San Juan del Río. Enhorabuena.
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