Nació el 2 de mayo de 1891 en la ciudad de San Juan del Río. Sus padres fueron don Francisco de la Peña y doña Dolores Terán. Su nombre de pila fue José Joaquín del Sagrado Corazón de Jesús Atanacio Pascual de la Santísima Trinidad de la Peña. Sus primeros estudios los hizo en el Instituto Científico de San Francisco de Borja de la Ciudad de México, de 1900 a 1907. A los 15 años de edad ingresó al Colegio Militar de Chapultepec, donde permaneció cuatro años, de 1908 a 1912; después se enroló voluntariamente en el Ejército Mexicano. Debido a sus dotes de estratega militar, en un breve lapso ascendió al grado de Mayor. En 1912 ya era Teniente de Artillería.
Entre 1913 y 1915, tiempos de la Revolución mexicana, obtuvo varios nombramientos militares en tropas de diferentes bandos: las de Victoriano Huerta y las de Francisco Villa. Por ello, en su hoja de servicios, en vez del ascenso a Teniente Coronel que se le ofreció a cambio de ser incondicional al huertismo, aparece una nota con la leyenda: “dado de baja por indigno de pertenecer al Ejército”. De la Peña fue líder del Partido Laborista. El 21 de diciembre de 1914, el general Francisco Villa lo designó jefe de las operaciones militares en el estado de Querétaro, con lo que de inmediato reorganizó su regimiento, llamado José María Arteaga. Fruto de su carrera combativa, el 6 de junio de 1915 fue ascendido a General Brigadier, junto con la orden de regresar a Querétaro para reorganizar su brigada y con instrucciones de operar sistemáticamente, con el objetivo primordial de causar el mayor daño posible a las comunicaciones del enemigo. Tras la derrota de las fuerzas convencionistas, el general De la Peña reconoció al gobierno de Carranza mediante acuerdo firmado con el general Carlos García y ante las fuerzas del general Francisco Cosío Rabelo, a quienes entregó sus elementos de guerra. Permaneció en el ejército villista hasta diciembre de 1915, cuando fue indultado. Se autoexilió en La Habana, Cuba, y regresó a México luego de los acontecimientos de 1920 en Tlaxcalantongo.
Al iniciar en 1923 el movimiento encabezado por Adolfo de la Huerta, se acusó al gobernador Francisco Ramírez Luque de simpatizar con los rebeldes y el 15 diciembre fue desaforado; la Legislatura nombró gobernador interino al general José Joaquín De la Peña Terán, “gente de Calles y de Obregón”. Según Fernando Díaz Ramírez en su Historia del Estado de Querétaro, Tomo V, (1901‑1931), en su gestión “demostró que sus dotes de gobernante se reducían a su mucha ambición”; arruinó las finanzas estatales que había logrado nivelar el gobernador José María Truchuelo y mantenido Francisco Ramírez Luque. A los empleados se les adeudaban meses de sueldo. Los maestros dejaron su responsabilidad debido a la falta de pagos. Se frenó el reparto agrario y solo se dotó un ejido; en cambio, se recibieron 287 solicitudes ejidales, pero ninguna se tramitó. El 9 de junio de 1924, el general Ángel Flores, opositor de Plutarco Elías Calles en las elecciones presidenciales, llegó a Querétaro y fue recibido por sus simpatizantes. El gobernador ordenó al inspector de Policía detenerlos y en la balacera fue herido de muerte Ramírez Luque. Se pensó que la muerte del ex gobernador fue intencional, lo que recrudeció la antipatía contra De la Peña; las relaciones con los ciudadanos se tensaron, a tal grado que el general se vio obligado a renunciar a su cargo el 25 de agosto. El Congreso local designó en su lugar al general Julián Malo Juvera, también como interino.
Al dejar la gubernatura, el general De la Peña fue diputado al Congreso de la Unión por el estado de Querétaro y, más tarde, se desempeñó como oficial mayor del Departamento del Distrito Federal. En 1935 se retiró del ejército y de la vida política para dedicarse a la industria. Fue dueño de la empacadora de alimentos Ibero-Mex. También fungió como presidente de la Financiera de las Industrias de Transformación. A finales de 1948, buscó retomar su carrera política, pero vio truncadas sus aspiraciones para ocupar nuevamente la gubernatura al no ser favorecido por el presidente Miguel Alemán. En febrero de 1949, el Partido Revolucionario Institucional (PRI) apoyó la candidatura del doctor Octavio S. Mondragón Guerra, quien rindió protesta como gobernador constitucional el 1 de octubre de ese año.
José Joaquín De la Peña Terán, murió en la Ciudad de México el 12 de julio de 1959, cuando ocupaba la presidencia de la Cámara Nacional de la Industria de la Transformación, donde fomentó la publicación de diversos estudios técnicos relevantes.
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