Este es uno de los cementerios más hermosos del mundo, está en San Juan del Río y tiene todas las características de lo que era la arquitectura funeraria del siglo XIX: poesía, escultura, pintura y por supuesto -cuando entraban las procesiones- la danza y el canto. Todo esto lo convierte es un museo único en su género, indudablemente una joya de Querétaro.
Este panteón se construye entre los años 1853 y 1857, gracias al proyecto presentado por los señores Felicitas Osornio, Guadalupe Perusquía y Melesio Alcántara, al Ilustre Ayuntamiento. Estas personas compran, mediante cooperación, el terreno trasero a la capilla del Calvario para edificarlo en el antiguo barrio de indios. La arquitectura es de estilo neoclásico afrancesado, de pequeñas dimensiones, ya que solo se contemplaba sepultar aquí a la alta burguesía local.
La particularidad de este panteón es que fue construido al borde de un peñasco conocido en la ciudad como Las Peñitas, que fue una zona habitacional prehispánica donde se fundó uno de los barrios más antiguos de la ciudad, el actual barrio del Calvario, al sureste del casco histórico. En la cima del cerro donde estaba el barrio, se edificó un pequeño templo que se conoce como Capilla del Calvario y que tiene sus antecedentes en el último tercio del siglo XVI. A espaldas de este templo es que se proyectó construir el panteón de la Santa Vera Cruz, que adquiere su nombre en referencia precisamente a la Verdadera Cruz o Santa Cruz, aquella en la que, según la tradición cristiana, fue crucificado Jesús de Nazaret y que, en el catolicismo, la Iglesia ortodoxa y parcialmente la anglicana, se la considera una Reliquia de Primer Orden, en memoria de la Pasión de Cristo.
El panteón tiene tres áreas para sepulcros: una dispuesta en dos patios divididos por un desnivel de tumbas sobre el piso (las más antiguas con la concepción colonial, es decir, a ras del suelo) y otras con monumentos según el ritual de la época y la influencia de la mazonería, que es muy fácil de identificar porque son las tumbas con pirámides truncadas, lo que significa que eran protestantes, entre otros elementos; las otras dos áreas son en muros con criptas en el llamado Columbario y en la Capilla de Paso o Tránsito, misma que servía para dar el último rito al cuerpo presente antes de ser sepultado. Cuenta con trescientas tumbas en el piso y más de ciento setenta criptas en muro. Algunas de las tumbas contienen varias osamentas, es decir, en una misma tumba se depositó más de un difunto, por lo general familiares; esto implica que en este panteón permanecen de forma perpetua poco más de mil cadáveres. Al estar sobre un peñasco, se tuvo que labrar la roca viva para hacer la cavidad en la que se depositaron los difuntos en las tumbas del piso, sobre todo en el segundo patio (el más grande).
La tumba que más sobresale está dispuesta al centro de ambos patios, pertenece a don Felicitas Osornio. Este monumento funerario presenta cuatro caras que contenían versos pintados dedicados a la muerte; cada cara remata con relieves de los representantes eclesiásticos con el tocado de los diferentes poderes: papa, cardenal, obispo y sacerdote. Sobre todo esto, se destaca una esfera que es el mundo con una serpiente enredada que representa el mal y sobre ella se imponía una inmensa cruz que representa el triunfo de la Santa Vera Cruz. Esta cruz, con parte del mundo y serpiente, cayó en algún tiempo debido a un rayo y sus piezas se conservan dispuestas en lugares estratégicos del panteón.
Existe un osario, lugar en el que se depositaban los restos de los difuntos que no pagaban la perpetuidad. En el interior de este espacio se puede apreciar una hermosa pintura al fresco dedicada a las almas del purgatorio consumiéndose entre las llamas de la prisión de fuego, copia de un lienzo original que se encuentra oculto al público en la antigua Parroquia de Españoles, hoy Santuario Diocesano de Nuestra Señora de Guadalupe en esta ciudad.
Fue en el año 1857 cuando se depositan los primeros restos mortales, siendo estos de la señora Victoriana Cervantes de Martínez fallecida el 20 de febrero de aquel año, reposan a perpetuidad. El último difunto depositado aquí fue el infante José Edgardo Landeras Layseca, fallecido el 17 de diciembre de 1967, a los 44 días de nacido. Este cementerio brindó servicio durante 110 años. Fue en 1967, cuando se clausura el panteón por ya no tener lugar para entierros debido a que todo estaba comprometido a perpetuidad. El panteón fue totalmente abandonado a partir de ese año.
